Liste de nos participants

Centre de ressources Biologiques de l’Institut Pasteur (CRBIP) Labellisé IBiSA Centre de ressources Biologiques de l’Institut Pasteur (CRBIP)

Il regroupe la Collection de l’Institut Pasteur (CIP : bactéries et plasmides), la Pasteur Cyanobacteria Collection (PCC), la Collection des Champignons (UMIP) et la biobanque ICAReB. Certifié ISO 9001 version 2000 dans sa globalité depuis 2005 puis NF S96-900 depuis 2009. Il propose à la distribution quelque 12000 souches bactériennes, 750 souches de cyanobactéries, 2700 souches fongiques et 80 souches virales.

www.crbip.pasteur.fr

Centre de Ressources Biologiques Leishmania (CRB-Leish, Université Montpellier 1 et CHU de Montpellier) Centre de Ressources Biologiques Leishmania (CRB-Leish, Université Montpellier 1 et CHU de Montpellier)

Les leishmanioses sont des maladies anthropozoonotiques de distribution mondiale, dues à l’infection par le protozoaire parasite Leishmania. La forme dite leishmaniose viscérale méditerranéenne s’étend sur tout le pourtour méditerranéen, y compris le Sud de la France. Cette collection, créée en 1971, renferme actuellement plus de 6000 souches de toutes les espèces de Leishmania, isolés à partir de nombreux types d’hôtes (homme, mammifères réservoirs, vecteurs) et provenant de 48 pays sur 4 continents. Un catalogue de 440 souches est en ligne (www.parasitologie.univ-montp1.fr), le reste étant disponible à la demande. Une démarche Qualité est en cours, en vue d’une certification ISO 9001 version 2000.

Centre de Ressources Biologiques Toxoplasma Centre de Ressources Biologiques Toxoplasma

Le CRB Toxoplasma a été créé en 2002 à visée de collecte des souches de Toxoplasma gondii issues de prélèvements humains ou animaux dans le but 1/ de caractériser les souches d’un point de vue phénotypique et génotypique pour élargir la connaissance sur la biodiversité de ce parasite et 2/ de les conserver avec des critères qualités élevés pour mettre à disposition de la communauté scientifique les isolats ainsi caractérisés. Le CRB Toxoplasma a collecté plus de 600 isolats (dont 200 issus d’animaux de différentes espèces) et dispose également d’isolats de référence car déjà décrits et publiés. Dans le cadre d’une collaboration avec l’équipe de D Sibley (USA), certaines souches du CRB vont être entièrement séquencées.

Ce CRB fournit des isolats sur demande (via son site www.toxocrb.com) avec projet scientifique résumé après avis de son conseil scientifique. Le CRB Toxoplasma est bi-site (Limoges et Reims) et repose sur un fonctionnement en réseau, il est certifié selon la norme NF S96-900 depuis janvier 2010.

Le CRB Toxoplasma est associé au réseau européen de biobanques BBMRI.

Centre de Ressources Biologiques – Environnement Microbiologie Lyon (CRB-EML) Centre de Ressources Biologiques – Environnement Microbiologie Lyon (CRB-EML)

Le Centre de Ressources Biologiques «Environnement Microbiologie Lyon» (EML) a été créé à l’Université Lyon 1 en 2005 suivant les recommandations de l’INEE (Institut Ecologie et Environnement) du CNRS pour assurer la conservation et la distribution d’espèces microbiennes et clones décrits et étudiés par des groupes de recherche de l’Université Lyon 1, VetAgro Sup et autres institutions du pôle lyonnais. Ce CRB offre tous les outils garantissant l’identité et la qualité des souches microbiennes conservées et distribuées. Il a un positionnement original quant à son contenu qui est principalement focalisé sur les espèces / souches isolées de l’environnement et d’infections opportunistes. Il est le CRB de référence pour la distribution et la conservation d’actinomycètes atypiques d’origine clinique isolés par l’Observatoire Français des Nocardioses. Il assurera bientôt la distribution d’Escherichia coli d’origine alimentaire et producteurs de Shiga-toxine isolés par le laboratoire de référence du ministère français de l’Alimentation, l’Agriculture et de la pêche, localisé sur le site VetAgro Sup. Ce CRB propose une conservation sous différentes formes depuis la congélation à  -80 ° C, en azote liquide et la lyophilisation. Cette collection est gérée par des accès web permettant l’acheminement des informations sur les micro-organismes conservés depuis les laboratoires de recherche vers la plateforme de référencement. Le site web vise également à rendre accessible cette collection à l’ensemble de la communauté scientifique et à l’industrie mais sous certaines conditions. En ce qui concerne ses activités de recherche, elles sont principalement tournées vers la description de nouvelles espèces bactériennes, l’évaluation des critères utilisés pour classer les micro-organismes, la caractérisation de souches épidémiques, et le développement de méthodes permettant l’étude de la diversité génétique et phénotypique au niveau infra-spécifique. Ce CRB offre des services à façon de génotypage et phénotypage.

Centre International de Ressources Microbiennes de l’INRA (CIRM-INRA) Centre International de Ressources Microbiennes de l’INRA (CIRM-INRA)

Le CIRM est un CRB créé par l”INRA en 2004. Il conserve plus de 15.000 souches réparties dans cinq sites dédiés : bactéries alimentaires (Rennes), bactéries pathogènes de l’homme et de l’animal (Tours), bactéries phytopathogènes et associées aux plantes (Angers), champignons filamenteux lignocellulolytique (Marseille), levures hémiascomycètes (Grignon). Le but de ce CRB est de réunir toutes les collections de microorganismes de l’INRA et de rendre accessible à la communauté scientifique des ressources biologiques bien caractérisées. Depuis sa création, le CIRM a intégré 12 collections INRA et est devenu un ensemble unique de collections associées à des recherches dans l’industrie agro-alimentaire, la biotechnologie, la santé humaine, la santé animal, et celle des plantes.

En plus de la mise à disposition d’une grande diversité de souches microbiennes bien caractérisées, le CIRM offre des prestations de services telles l’identification taxonomique, la caractérisation complète de souches, le typage, le dépôt confidentiel et apporte son expertise à de nombreux domaines de recherche. Le CIRM est de plus très actif dans la caractérisation et la conservation de la biodiversité microbienne des territoires français d’outremer. Les cinq sites sont certifiés ISO 9001.

Depuis le début 2009, le CIRM est coordinateur, avec l’institut Pasteur, du projet européen EMbaRC qui vise à  établir une communauté durable de Centres Européens de Ressources Microbiennes, couvrant une large biodiversité et offrant non seulement des ressources biologiques mais aussi des expertises. Une recherche associée pour améliorer la conservation des souches et le stockage de l’ADN et pour développer de nouvelles méthodes d’identification des microorganismes est en cours.

http://www.inra.fr/crb-cirm

CRB Ferdinand Cabanne – Filière micro-organismes de Besançon CRB Ferdinand Cabanne – Filière micro-organismes de Besançon

Le CRB Ferdinand Cabanne dispose au CHRU de Besançon d’une filière microorganismes spécialisée dans la qualification et la conservation des micro-organismes pathogènes.

Nous mettons à disposition nos collections de micro-organismes pathogènes d’origine clinique et environnementale aux chercheurs s’intéressant au risque infectieux, au déchiffrement des génomes microbiens, à la compréhension de l’émergence des mécanismes de résistance aux anti-infectieux, à la compréhension des dynamiques de diffusion des pathogènes résistants et à l’étude des infections liées aux soins. Les collections disponibles regroupent de nombreuses souches de bactéries multi-résistantes aux antibiotiques : Staphylococcus aureus, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, bactéries productrices de b-lactamases à spectre étendu. Nous collectionnons également des micro-organismes responsables de bactériémies ou d’infections ostéo-articulaires.

En 2014, 30 000 microorganismes sont référencés.

http://www.crbferdinandcabanne.fr/

CRB Microorganismes de la Vigne et du Vin CRB Microorganismes de la Vigne et du Vin

 

La Collection Nationale de Microorganismes de l’Institut Français de la Vigne et du vin est actuellement répartie sur 5 sites différents (Beaune, Nantes, Tours, Villefranche et Nîmes). Elle est constituée d’environ 20 000 souches réparties comme suit : levures 17 000, champignons filamenteux 3 000, bactéries 1 000, le tout représentant environ 200 espèces différentes issues des écosystèmes viti-vinicoles.

 

CRB œnologie CRB œnologie

Le CRB œnologie (Institut des Sciences de la Vigne et du Vin-Université Victor Segalen Bordeaux2) rassemble plusieurs dizaines de genres et d’espèces, de levures et de bactéries isolées à partir de raisins, de jus de raisin et de vins d’origines et de types très divers. Les espèces « technologiques » y sont représentées par des centaines de souches. Les levures et les bactéries d’altérations des vins y figurent aussi, avec plusieurs souches caractérisées par les métabolismes spécifiques des « maladies du vin ».

Plate-forme GenoSol, INRA-Université de Bourgogne, Dijon Plate-forme GenoSol, INRA-Université de Bourgogne, Dijon

La plate-forme « GenoSol » a été créée en 2008 par l’UMR INRA-Université de Bourgogne

« Microbiologie du Sol et de l’Environnement » ; son objectif est de fournir une structure logistique assurant l’acquisition, la conservation, la caractérisation et la mise à disposition des ADN de sols issus des échantillonnages de grande envergure (plusieurs centaines à plusieurs milliers

correspondant à de grandes échelles spatiales et/ou temporelles). Elle gère, à ce jour, environ 3000 échantillons d’ADN de sols, avec une prévision de 1000 à 1500 nouveaux échantillons par an.

http://www.dijon.inra.fr/plateforme_genosol

Ressources Biologiques Environnementales – Équipe Environnement et Microbiologie (EEM), UMR IPREM 5254, Université de Pau et des Pays de l’Adour Ressources Biologiques Environnementales – Équipe Environnement et Microbiologie (EEM), UMR IPREM 5254, Université de Pau et des Pays de l’Adour

L’EEM conserve des ressources microbiennes issues essentiellement de l’environnement : 1) une collection de plus de 600 souches bactériennes contenant des bactéries phototrophes pourpres, des bactéries sulfato-réductrices et des bactéries hydrocarbonoclastes (dégradation d’alcanes et de polyaromatiques), et 2) une collection d’ADN environnementaux (métagénomes) extraits soit de l’environnement soit d’expérimentations en microcosmes.

http://iprem-eem.univ-pau.fr